無塵室設計必須整合空調系統（HVAC）、HEPA濾網、氣流方向、室壓控制與動線安排。空調系統不僅控制溫濕度，更負責過濾懸浮微粒，搭配適當氣流（層流或亂流）可避免污染擴散。同時考量人流、物流與維修動線，才能達到高效率、低污染的運作環境。