無塵室建置完成後，仍需定期維護與環境監控才能維持潔淨等級。包括更換濾網、空調設備保養、壓差與溫濕度監測等。同時，工作人員需依SOP著裝與作業，並避免不當行為造成污染。良好的維護與人員訓練，是無塵室長期穩定運作的關鍵。